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计算生物学实验室

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什么叫HETATM  

2009-03-07 23:15:40|  分类: Simulation |  标签: |举报 |字号 订阅

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这个是PDB数据库原子坐标记录格式

HETATM 非标准基团原子坐标

HETATM  460  P    PO4   100       -2.502   7.587   4.225  1.00 24.59           P 
HETATM  461  O1  PO4   100      -3.320   6.532   5.003  1.00 21.58           O 
HETATM  462  O2  PO4   100      -2.659   9.016   4.703  1.00 20.93           O 
HETATM  463  O3  PO4   100      -1.038   7.162   4.308  1.00 22.74           O 
HETATM  464  O4  PO4   100      -3.034   7.618   2.801  1.00 23.47           O
   
HETATM  465  O    HOH   103      14.704   1.498  15.520  0.80 29.62         O 
HETATM  466  O    HOH   105       8.954  -3.596  13.444  1.00 28.63          O 
HETATM  467  O    HOH   108       3.055   0.876   7.712  0.80 16.06           O 
HETATM  468  O    HOH   110       3.490  -2.454   1.142  0.95  9.35            O  
  

英文在PDB file 中的说明:The HETATM records present the atomic coordinate records for atoms within "non-standard" groups. These records are used for water molecules and atoms presented in HET groups.

 

PS:PDB数据库原子坐标记录格式

一 标题部分

1  HEADER(分子类,公布日期、ID号)

2  OBSLTE (注明此ID号已改为新号)

3  TITLE(说明实验方法类型)

4  CAVEAT(可能的错误提示)

5  COMPND(化合物分子组成)

6  SOURCE(化合物来源)

7  KEYWDS(关键词)

8  EXPDTA(测定结构所用的实验方法)

9  AUTHOR(结构测定者)

10 REVDAT(修订日期及相关内容)

11 SPRSDE(已撤销或更改的相关记录)

12 JRNL(发表坐标集的文献)

13 REMARK

   REMARK 1(有关文献)

   REMARK 2(最大分辨率)

   REMARK 3(用到的程序和统计方法)

   REMARK 4-999

二 一级结构

  1  DBREF (其他序列库的有关记录)

  2  SEQADV ( PDB与其他记录的出入)

  3  SEQRES (残基序列)

  4  MODRES (对标准残基的修饰)

三 杂因子

  1  HET(非标准残基)

  2  HETNAM(非标准残基的名称)

  3  HETSNY (非标准残基的同义字)

  4  FORMOL(非标准残基的化学式)

四 二级结构

  1  HELIX(螺旋)

  2  SHEET(折叠片)

  3  TURN(转角)

五 连接注释

  1  SSBOND(二硫键)

  2  LINK(残基间化学键)

  3  HYDBND(氢键)

  4  SLTBRG(盐桥)

  5  CISPEP(顺式残基)

六 晶胞特征及坐标变换

  1  CRYST1(晶胞参数)

  2  ORIGXn(直角-PDB坐标)

  3  SCALEn(直角-部分结晶学坐标)

  4  MTRIXn(非晶相对称)

  5  TVECT(转换因子)

七 坐标部分

  1  MODEL(多亚基时示亚基号)

  2  ATOM(标准基团的原子坐标)

  3  SIGATM(标准差)

  4  ANISOU(温度因子)

  5  SIGUIJ(各种温度因素导致的标准差)

  6  TER(链末端)

  7  HETATM(非标准基团原子坐标)

  8  ENDMDL(亚基结束)

八 连通性部分

   CONECT(原子间的连通性有关记录)

九 簿记

  1  MASTER (版权拥有者)

  2  END(文件结束)

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