注册 登录  
 加关注
查看详情
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

计算生物学实验室

http://www.bioms.net

 
 
 

日志

 
 

RMSF script for NAMD  

2011-01-13 09:01:32|  分类: NAMD |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |
# This script for the rmsf
set outfile [open rmsf.dat w];
set nf [molinfo top get numframes]
set rmsd_all 0
set frame0 [atomselect top "protein and backbone and noh" frame 0]
# rmsf calculation loop
for {set j 50} {$j <=80} {incr j} {
for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } {
     set sel [atomselect top "protein and backbone and noh" frame $i]
     set sel_resid [atomselect top "protein and backbone and chain A and resid $j and noh" frame $i]
     set frame0_resid [atomselect top "protein and backbone and chain A and resid $j and noh" frame 0]
     set all [atomselect top all frame $i]
     $all move [measure fit $sel $frame0]
     set rmsd_each "[measure rmsd $sel_resid $frame0_resid]"
     set rmsd_all [expr $rmsd_all + $rmsd_each]
      }
set nn [expr $nf - 1]
set rmsf [expr $rmsd_all / $nn]
puts $outfile $rmsf
set rmsd_all 0
}
close $outfile
  评论这张
 
阅读(1045)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2018