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Q01: Fatal error: No such moleculetype K  

2011-02-14 19:16:17|  分类: Gromacs |  标签: |举报 |字号 订阅

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Q01: Fatal error: No such moleculetype K

解决方法如下,依次修改,并添加如下内容:

###aminoacids.rtp###

[ K ]
 [ atoms ]
   K   K+     1.00000     0
 [ bonds ]
 [ angles ]
;  ai    aj    ak   gromos type
 [ impropers ]
;  ai    aj    ak    al   gromos type
 [ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al   gromos type

 

###ffnonbonded.itp###

K+  19      0.000       0.000       A   1.63787E-05   1.18384E-06


###atomtypes.atp###

   K+  39.0983  :     potassium (charge 1+)

 

###ions.itp###

[ moleculetype ]
; molname       nrexcl
K              1

[ atoms ]
; id    at type         res nr  residu name     at name  cg nr  charge   mass
1       K+        1       K              K        1      1        39.0983

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