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SGE并行环境设置  

2011-04-03 19:44:52|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

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本文是关于如何在SGE(sun grid engine)中添加和设置并行环境,通过并行环境可以提交并行任务。


1. 添加pe

qconf -ap openmp

则会看到:

pe_name            openmp
slots              0
user_lists         NONE
xuser_lists        NONE

start_proc_args    /bin/true
stop_proc_args     /bin/true
allocation_rule    $pe_slots
control_slaves     FALSE
job_is_first_task  TRUE
urgency_slots      min
accounting_summary FALSE

修改参数:

pe_name            openmp
slots               1000
user_lists          NONE
xuser_lists         NONE
start_proc_args    /bin/true $pe_slots
stop_proc_args     /bin/true
allocation_rule    $round_robin
control_slaves     TRUE
job_is_first_task  FALSE
urgency_slots      min
accounting_summary FALSE

然后保存。

也可先将他们保存在一个文件中,然后用qconf –Ap filename来添加新的pe环境。另外还可以通过qmon命令。从图形界面进行添加。

Qconf –mp pename和 qconf –Mp pename可以用来更改pe的设置。


2. 在queue中加入这个pe环境

虽然添加了并行环境,但是此时通过这个并行环境提交的任务并不能被执行。必须将这个pe环境加入到相应的queue中,任务才能被分配到这个queue,进而被执行。

例如要在all.q中加入这个pe环境

qconf –mq all.q

则会看到

qname                 all.q
hostlist              @allhosts
seq_no                0
load_thresholds       np_load_avg=1.75
suspend_thresholds    NONE
nsuspend              1
suspend_interval      00:05:00
priority              0
min_cpu_interval      00:05:00
processors            UNDEFINED
qtype                 BATCH INTERACTIVE
ckpt_list             NONE
pe_list               make
rerun                 FALSE
slots                 1,[node3=8],[node1=8],[node2=8],[node4=8],[node5=8]......
tmpdir                /tmp
shell                 /bin/csh
prolog                NONE
epilog                NONE
shell_start_mode      posix_compliant
starter_method        NONE

在列出的参数中修改pe_list参数,加入新建的pe环境的名字

如:pe_list               openmp make

表示openmp和make这两个pe环境的任务可以分配到这个队列中

接下来就可以通过这个pe来提交任务了,如:qsub –pe openmp 16 test_openMp.sh

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