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Gaussian 软件安装方法整理成功版  

2011-05-10 15:06:37|  分类: Gaussian |  标签: |举报 |字号 订阅

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GAUSSIAN 09

   1. Obtain Gaussian 09
      Gaussian 09 is a commercial software product and must be purchased from Gaussian, Inc. Both source code and pre-compiled binary versions of Gaussian 09 are available.
   2. Setup gaussian group and add authorized users to this group
      $ su
      # cd /etc
      # cp -p group group.bak
      # cp -p gshadow gshadow.bak
      # grep 499 group
      # groupadd -g 499 gaussian
      # usermod -a -G gaussian webmo
      # usermod -a -G gaussian smith
      # usermod -a -G gaussian jones
   3. Copy binary distribution from CD-ROM
      # mount /mnt/cdrom
      # cd /usr/local
      # cp -p /mnt/cdom/tar/*.TGZ .
      # umount /mnt/cdrom
   4. Extract files
      # tar xzvf *.TGZ
      # chown -R :gaussian g09
      # exit
   5.    setup the envirmental parameters for G09 in /etc/bashrc file
        vi /etc/bashrc file
        ## Gaussian 09 setup
        export g09root=/usr/local
        export GAUSS_SCRDIR=/usr/local/g09/scratch
        export GAUSS_EXEDIR=/usr/local/g09
        export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/g09
        export PATH=/usr/local/g09:$PATH
        source $g09root/g09/bsd/g09.profile
                  
    6.    Setup the properties for some important files:
        chmod -R 710 ./g09
        chmod -R 777 ./g09/scratch/
        chmod -R 755 ./g09/bsd/g09.profile
        $ source /etc/bashrc
     7. Run a test job from the command line
      $ cd ~
      $ mkdir g09
      $ cd g09
      $ cp -p /usr/local/g09/tests/com/test001.com test001.com
      $ cp -p /usr/local/g09/tests/ia64/test001.log test001.log.ia64
      $ g09 < test001.com > test001.log.linux
      $ tail test001.log.ia64
      $ tail test001.log.linux
    8.    安装完高斯gaussian运行后的错误提示及可能的解决方法

    8.1.出现“cannot execute binary file”的错误提示
很有可能安装的高斯版本与当前linux系统的位数不符合,比如64位的高斯装在32位系统上就会出这样的错误提示。也有可能是安装文件错误或操作系统缺少某些库。

查看当前redhat Linux版本是32位还是64位的命令:
用getconf LONG_BIT,而非getconf WORD_BIT。32位模型下,一般是ILP32,即int,long,pointer都是32位长; 64位模型下,一般是LP64,即long,pointer是64位,而int可能还是32位,也可能是64。
此外,也可以使用命令“uname -a”或“uname -m”,若结果里有i386或者i686则表示当前Linux系统是是32位的,若结果中有x86_64则表示是64位的。

    8.2.“Probably out of disk space”错误提示
具体为:
Erroneous write during file extend. write 448 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or director
有可能是GAUSS_SCRDIR部分对应的临时文件夹的权限有问题,用chmod 777 -R foldername 命令可以解决权限为题。另外,如果是Red Hat 的话,在root权限下输入以下语句或者在/etc/rc.local文件末尾加入:
echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space

    8.3.no such file or directory
安装完毕运行g03时出现了“bash:./userid/g03/g03/bsd/g03.profile:no such file or directriy”或者“g03 :commands is not found”的错误提示,有可能是没有正确设置Gaussian的路径。对照着重新设置,最后再重新source一下bash或csh文件。
    另外,我还遭遇过这种情况:无法在/tmp/文件里创建文件,原因是不知什么时候被我把/tmp/userid/这个目录删除了。这是只要在/tmp/下新建一个具有读写删除权限的名为userid的目录即可解决问题。注意,这里userid泛指当前登录计算机的用户名。
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