注册 登录  
 加关注
查看详情
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

计算生物学实验室

http://www.bioms.net

 
 
 

日志

 
 

Normal Mode Analysis  

2011-05-06 22:38:41|  分类: Gromacs |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |

Normal procedure with GROMACS

In Normal Mode Analysis (NMA), calculations are run in order to study the underlying, large-scale functional motions of a macromolecule, typically a protein. The calculations require very thorough energy minimization and calculation of a Hessian matrix.

In general, both for final-stage energy minimization (with L-BFGS) and actual normal mode analysis you can use a setup with

  • double-precision GROMACS installation
  • switched Coulomb & van der Waals interactions; cutoffs e.g. at 1.0 nm, switched from 0.8 nm (or shifted from 0 nm).
  • rlist at 1.2 to 1.3

It is imperative that you use the -t option to grompp when you create the normal mode run input file, so that you read full precision binary coordinates and not the three-decimal .gro file.

 

Resources

  评论这张
 
阅读(1223)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2018