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可视化软件atomeye的基本使用  

2011-10-19 16:44:12|  分类: Simulation |  标签: |举报 |字号 订阅

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        做MD模拟得到原子位置坐标文件后通常都需要可视化的软件将其显示出来,常见的软件有VMD(window 和 linux下都有版本),rasmol 和atomeye (linux下使用)等。经一外院的师兄介绍,一直在使用atomeye,现结合自己的经验说一些简单的使用,若有什么问题大家可以一起交流。
       先介绍一下软件的作者李巨,现应该在美国的宾大做教授,中科大少年班毕业,后到麻省理工攻读博士学位,以优异成绩毕业,2006因在“在纳米压痕原子建模、揭示材料变型与损伤种类等研究领域做出的 ‘原创性成果’”获美国材料学会颁发的
青年科学家大奖(Young Investigator Award)。今年5月底在北京开会曾见到过李巨本人,谈到他编的软件atomeye,还有些许的传奇,他说自己在麻省做博士课题时,发现原有的软件无法读取原子数规模很大的文件,就花了些时间随手编了一个新的软件,正是现在的atomeye,可见此人的功力.
       
        下面就是该软件的一些基本使用。



当前的Atomeye支持三种文件格式:PDB,标准cfg和扩展cfg。扩展cfg的格式使用的较为方便,我都是把文件转换成这个格式来用Atomeye读取的。
(一)
下载Atomeye

从往常下载的Atomeye文件名都是A.i686,复制到自己的电脑上时有时会失去可执行的属性,可先进行以下操
mv A.i686 atomeye
//
将文件名该为atomeye(我通常的做法)

chmod 755 atomeye
//
赋予atomeye以可执行的属性

执行Atomeye
./atomeye filename
//filename
是需要读取的cfg文件名


以上面得到的0.bdl.cfg为例,./atomeye 0.bdl.cfg敲回车键就可以显示原子图像了。运行后会出现两个界面,一个是原子图像的界面,另一个是操作符界面。把原子图像的窗口最大化后,可以想VMD一样用鼠标拖拉产生旋转,看Atomeye似乎更适合用键盘的快捷键。因此,除了用鼠标点击原子图像和操作符界面以切换窗口外,个人建议尽量少用鼠标来完成操作。


(二)对原子图像的操作:
Atomeye的图像并不像VMD有坐标轴的标识,初始的图像默认的坐标系为横向x轴,纵向y轴,透视方向z轴: 
(1)
透视的立体图与平面图的转换:按Tab键

(2)
图像的整体旋转:按方向键↑↓←→即可

(3)
原子半径的放大与缩小:按PageUp和PageDown键

(4)
图像的平移:同时按Ctrl加方向键(↑↓←→)

(5)
图像在平面内的旋转: 同时按Shift加方向键

(6)
图像的整体放大与缩小,这个用鼠标的滑轮比较方便,也可以在立体图下用Ctrl+Shift+↑(或↓)组合键来控制



注意:对于上面(2)-(6)类似的操作存在着一个幅度的问题,比如每按一次方向键究竟旋转了多少度,怎么控制幅度?实际上幅值是通过键盘上的1-9数字来控制的,在进行旋转之前可以先按一个数字键,比如按数字4,再按方向键则每一次旋转都是40°。因此如果想旋转90°,从垂直于z的方向看垂直于x的方向,需先按数字键9,再按方向键←。此外,需说明的是控制幅值的数字键1-9并不仅仅是针对旋转操作的,他们的作用是对任何操作(包括后面要用到的调整CNA分析的门槛值)起一个加速和减速的目的,以上仅是举一个旋转操作的例子说明。


(三)Atomeye的颜色模式支持: 


除了设定x,y,z三个坐标的数据用来显示原子图像,atomeye还可以在cfg文件中加入原子的其他信息的参数值(如能量,应力状态等),这些参数值的相对大小可以用不同的颜色来区分,即颜色模式。Atomeye在处理的时候,会找出该信息的最大和最小值,中间的数值对最值有一个相对的大小。最大值用红色表示,最小值用蓝色表示,中间值就是中间的过渡颜色。
按Alt+数字键就会转到该信息的颜色模式下


(四)保存图片

Atomeye
可以将原子图像保存成jpg,png以及eps格式的图片。以jpg文件说明,

在原子图像的窗口下,按j键,这时在字符窗口中出现提示
Save screen on (1.bdl.jpg 256):
只要输入保存的图片名称再按回车就可以了,例如输入1.bdl.jpg
如果是在经过Alt+数字键转到了颜色模式下,再输入完保存的图片名按回车后,会接着有提示要求保存色带,
Save colormap on (1.bdl.jpg.cmap.eps):
接着按回车就可以了,但保存的色带是eps格式,linux下有支持的插件可以直接查看,在window下可以用photoshop来看。
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